Микроорганизмите като живи организми притежават основните свойства за всяка жива клетка: Метаболизъм, Репродукция, Диференциация, Комуникация, Еволюция
Подчиняват се на принципа на биохимичното единство на живите организми. Основните характеристики, по които те се различават:
- Химичен състав и организация на клетъчната стена
- Химичен състав на цитоплазматичната мембрана
- Организация на цитозола
- Вътреклетъчни мембранни структури
- Организация на генетичния материал
За прокариотната клетка е най-характерно:
- Специфичен състав и структура на клетъчната стена, различен от този на растителната клетка
- Специфичен състав и функции на цитоплазматичната мембрана
- Отсъствие на митохорндрии, хлоропласти
- Отсъствие на ендоплазматичен ретикулум
- Отсъствие на вътреклетъчни мембранни структури
- Организация на генетичния материал- една молекула ДНК, кръгова по форма
Бактериалната ДНК е представена от една единствена молекула, кръгова по форма ДНК, не асоциирана с хистонови белтъци. нарича се бактериална хромозома. Тя е една и поради това бактериите са хаплоидни. Типичната бактериална клетка има хромозома, съставена от 4.6 милиона базови двойки ) около 4600 килобази). Тя съдържа почти 4300 потенциално кодиращи се последователности (гени). Прокариотната клетка съдържа значително по-малко количество генетична информация. Типичната бактериална клетка има хромозома, съставена от 4.6 милиона базови двойки ) около 4600 килобази). Тя съдържа почти 4300 потенциално кодиращи се последователности (гени).
Бактериите съдържат и извънхромозомни елементи- плазмиди. Те са с различна големина и най-често носят гени, отговорни за различни свойства на прокариотната клетка. Бактериалната хромозома е разположена в цитоплазмата в структура, означавана като нуклеоид.
Тази структура не е ограничен от цитоплазмата с ядрена мембрана. Всяка бактериална клетка съдържа около 1900 вида белтъци и около 2.4 милиона индивидуални белтъчни молекули. Някои белтъци са представени в много копия, други са много малко и това зависи от механизмите, регулиращи експресията на гените.