Немският естественик Йохан фон Спикс е роден на 9 февруари 1781 година в Хохщат, Бавария. Той изучава философия в Бамберг и получава научна степен. Във Вюрцбюрг изучава теология, но после я изоставя и се заема с изучаване на медицина и естествени науки. За втори път Спикс получава научна степен и работи като лекар в Бамберг.
По-късно той се премества на работа в Баварската академия на науките в Мюнхен. Кралят на Бавария Максимилиан I му отпуска на Спикс стипендия, с която той изучава зоология в Париж. По време на престоя си там той извършва морски биоложки екскурзии и прави първите си научни изследвания.
През 1810 година Спикс е назначен като доцент, а от 1811 година - като куратор на зооложкия музей в Мюнхен. Същата година той издава обширен труд за историята и основите на зооложката систематика, което му донася всеобщо научно признание. През 1813 г. става член на Баварската академия на науките.
През 1817-1818 година, заедно с Карл фон Мартиус, Спикс се присъединява към австрийска експедиция в Бразилия. Заедно изследват района между река Сан Франциско на запади Атлантическия океан на изток, от Ору Прету в южния край на Серра ду Еспинясу до Жуазейру в долното течение на Сан Франциско.
Те пресичат реката и достигат на запад до вододела между реките Сан Франсиско и Токантинс – Серра Жерал ди Гояс. Завиват на изток и достигат до град Салвадор, а оттам продължават на северозапад и достигат до Сан Луис, като по пътя пресичат реките Сан Франсиско и Паранаиба. Пътешествениците изследват флората на посетените райони. По време на своето пътешествие Спикс и Мартиус преминават повече изследвани райони и те не са първооткриватели, но стават първите широко образовани специалисти, които изучават географията, флората и фауната на широката източна полоса на Бразилската планинска земя, главно басейна на река Сан Франсиско.
От юли 1819 до юни 1820 година те изследват Амазонка от устието й до устието на десния й приток река Жавари. На обратния път изследват долните течения на реките Рио Негро и Мадейра.
От тази експедиция двамата донасят в Германия колекции от 6500 растения, 2700 насекоми, 85 млекопитаещи, 350 птици, 150 земноводни и 116 риби. Те и сега съставляват основна част от колекциите на Държавния зооложки музей в Мюнхен. Многочислените колекции от етнографски материали сега се намират в етнографския музей в Мюнхен.
Поради ранната смърт на Спикс на 13 май 1826 г., колегата му Карл фон Мартиус довършва започнатите от него научни трудове, касаещи експедицията им в Бразилия.