Почистването на аквариумната вода е от особено значение. Задачата на филтъра е да отстрани неизконсумирана храна, гниещи водорасли или мъртви рибки, опасните химикали, продукти от жизнената дейност на рибките. Ако отровите, които водните обитатели отделят, не бъдат разчиствани, количеството им бързо ще се повиши до ниво, което ще е смъртоносно за тях.
Съществуват няколко типа пречистване на водата. Биологичната филтрация е абсолютно необходима за всеки аквариум за поддържане на живота на водните организми. С механичната филтрация се поддържа чистотата на водата от механични замърсявания. Целта на химичната филтрация е да отстрани от водата попаднали в нея от водопроводната система токсини или други вещества, както и лекарства, ако сте третирали водата с такива.
Важно е да се знае, че водата може да изглежда кристално чиста и въпреки това да бъде отровна за живите организми и обратно – да изглежда мръсна и мътна, но да е напълно безопасна за рибите ви.
Съществува филтрация, която се осъществява от бактерии и други микроорганизми, които преработват отделените от рибите и другите обитатели на аквариума органични вещества (екскременти, мъртви части от растения и други) до по-малко отровни вещества. Рибите постоянно отделят урина и изпражнения във водата, като количеството им зависи от количеството и честотата на хранене. Ако те не бъдат премахвани, стават отровни.
Биологичната филтрация се осъществява, като водата преминава през керамика или пясък, в който са се заселили определени бактерии. Различни видове бактерии преработват амоняка до по-малко отровни вещества, като намаляването им става за сметка на редовната смяна на част от водата
Механична филтрация се осъществява, когато водата преминава през някаква цедка. Тази цедка задържа плуващите из водата по-едри частици и те не могат да се върнат вече в аквариума. Филтърната цедка може да бъде всичко, което може да задържи тези частици: дунапрен, вата и дори пясък.
Химичната филтрация може да се осъществява от активен въглен или различни видове смоли, които премахват токсините от водата. Много е важно активният въглен да бъде сменян редовно. Имайте предвид, че 2 кубически сантиметра активен въглен са достатъчни за филтрацията около 7,5 литра вода за период от един месец. Цялата вода на аквариума трябва да преминава през активния въглен поне 2 пъти за един час. Ако минава по-бавно, филтрацията не е достатъчно ефективна.
Недостатъчната смяна на водата води до натрупване на химикали в аквариума и съответно засилва товара на вашата химична филтрация. Важно е да се отбележи, че активния въглен се използва, когато сте третирали аквариума с антибиотици или други медикаменти, срещу болести или паразити. Използването му в аквариуми със стабилна среда е безсмислено.