Иван Шишманов е роден на 22 юни 1862 година в Свищов. Той е наследник на възрожденската фамилия Шишманови. Когато е едва на 13 години, умира баща му и семейството изпада в бедност. За щастие малкият Иван прави впечатление на унгарския пътешественик Феликс Каниц, който при обиколката си из България подбира няколко млади българчета, за да ги настани като държавни стипендианти в австрийската столица Виена.
Иван Шишманов попада измежду избраните и през 1875 г. постъпва в образцовото Bürgerschüle във Виена и после в Педагогическото училище, което завършва през 1882 год. Когато се връща в България, той става за кратко учител в родния си град, а после подначалник в министерството на народната просвета. По това време всички по-способни младежи, които имат желание да учат висше образование в чужбина, получават насърчение от правителството и Шишманов успява да се сдобие с една стипендия по философия за Йенския университет. Там Шишманов проявява най-широки интереси, като слуша лекции по санскрит и индийска литература. За да допълни знанията си по френски, Шишманов заминава през август 1885 г. за Женева, но избухналата тогава Сръбско-българската война го връща в България като доброволец.
След края на войната, през януари 1886 год. Иван Шишманов заминава отново за Женева, където престоява цяла година. Там от решаващо значение за насоките на неговото развитие като учен, е близкото му приятелство с украинския емигрант Михайло Драгоманов, професор по история в Женевския университет, а по-късно, по настояване на Шишманов, и професор в Софийския университет.
Шишманов завършва университета с докторска дисертация върху по експериментална психология и се завръща в България напълно подготвен за научна дейност.
Иван Шишманов се жени за дъщерята на Драгоманов - Лидия.
Професорът става един от основателите на Висшето училище в София /днес Софийски университет/ през 1888 година. Там то е професор по литературна и културна история, както и по сравнителна литературна история. Около него се групират будни, любознателни студенти, от чиято среда изпъкват после добре известни писатели, критици и учени. Със своите студии, монографии, статии, анкети и с неповторимите си лекции проф. Иван Шишманов разширява кръгозора на цяла четяща България. Той допринася за умственото развитие на студентската, ученическата и работещата на културно-просветното поле младеж.
Иван Шишманов създава списание “Сборник за народни умотворения, наука и книжнина“ през 1893 година и е негов редактор до 1902-ра. Едновременно с това е и редактор в списание „Български преглед“ . Изданието изиграва важна роля за развитието на българската наука. Проф. Иван Шишманов е член на БАН, на Сръбската академия на науките и изкуствата, на гръцкото научно дружество „Парнас“ и почетен член на университета в Харков.
Налагайки се бързо като ерудиран преподавател, Иван Шишманов вниква в духовните потребности на студентите, а от степента на тяхната предварителна подготовка разбира необходимостта от сериозна реформа в образователната система. Младият преподавател във Висшето училище в София е готов да се отдаде и на това реформаторско дело. На два пъти отхвърля предложението да стане министър на просвещението , но накрая приема, в правителството на ген. Рачо Петров, като поставя условието да му се даде възможност да осъществи мащабната си културно-просветна програма. Шишманов остава министър и в следващото правителство с министър-председател Димитър Петков.
Докато е министър, Иван Шишманов отваря пътя на образователни и културни институции, без които не бихме могли да си представим историята и духовността на България – Народния театър, Рисувалното училище, Музикалното училище, Народния етнографски музей, Института за слепи, Училището за глухонеми деца, първата Детска забавачница у нас, Учителско-лекарския съюз, Археологическото дружество, Българската секция на ПЕН-клуба, много читалища, библиотеки и др. Именно той изпраща български писатели, учени, художници и музиканти в чужбина, за да имат възможност да общуват с достиженията на европейската наука и изкуство.
Професор Шишманов напуска министерския пост, когато правителството затваря университета, след като студентите са освиркали княз Фердинанд I при откриването на Народния театър на 3 януари 1907-а. След оставката си, Шишманов заминава за Швейцария, за да продължи научната си работа, но две години по-късно се връща в България и продължава да преподава.
След края на Първата световна война проф. Иван Шишманов той е избран за председател на българската секция на Паневропейския съюз и се бори за осъществяването на идеята да се създадат Европейски съединени щати – Паневропа.
През 1918 г. той е временно български царски посланик в Украйна. Кратката мисия на Иван Шишманов в Киев се осъществява в изключително трудни за стандартната дипломатическа дейност условия. Ученият заема посланическия пост в една нестабилна държава, която съществува едва от десетина месеца.
Въпреки трудните условия професора установява добри междудържавни контакти, подпомага всячески борбата за съхраняване на украинската независимост и оставя добри спомени в десните политически кръгове на страната. Нахлуването на болшевиките обаче слага край на дипломатическата кариера на професор Шишманов и той се завръща в София.
След нови кратки пътувания до Швейцария и Германия, през 1923 г. Иван Шишманов се установява окончателно в България , където не напуска катедрата си. В дома им на ул. „Шипка“ 11 (в който днес се помещава пицарията „О, Шипка“), Лидия Шишманова поставя началото на един от първите легендарни софийски литературни салони, по подобие на салоните на мадам дьо Стал и Жорж Санд във Франция.
По това време, обаче, един голям скандал изкарва фамилията Шишманови по първите страници на жълтата преса и завинаги разделя семейството на професора. Единственият му син, Димитър, започва любовна връзка със съпругата на семейния приятел на Шишманови, а също и герой от войните – ген. Сава Савов. Скоро връзката е разкрита, генералът се развежда с невярната си жена и за Димитър става въпрос на чест да се ожени за нея, въпреки че тя е с около 20 години по-възрастна. Този брак не е приет от старите Шишманови и особено от Лидия, която дълго време отказва да се вижда със сина и снаха си. Още по-тежко двамата преживяват липсата на внуци.
През лятото на 1928 година Шишманов заминава за норвежката столица Осло, за да участва в конгрес на ПЕН-клубавете. Именно там, на 23 юни, ден след като навършва 66 години, професорът получава апоплектичен удар и умира.
Три месеца и половина след трагичната загуба Лидия Шишманова лежи убита от мъка. Вдига я от леглото споменът за едно писмо, писано от професора две години преди смъртта му. “Усещам, че скоро ще умра. Знам, че твоята тъга ще бъде голяма, но ти ще трябва да живееш, за да уредиш моето книжовно наследство“, зарича я професорът.
Така Лидия надмогва болестта, става на крака и подрежда огромния архив на съпруга си – купища лекции, недовършено съчинение за Шекспир, недописана книга за Вазов /с кото са много близки през целия си живот/, ценни фолклорни изследвания, мемоарите му като пълномощен министър в Украйна, над 3000 собствени и събирани епиграми…