Джон Уолкър е роден на 7 януари 1941 година в Халифакс, графство Йоркшир, Англия. Завършва гимназия със специалност физика и математика. През 1964 г. се дипломира в Оксфордския колеж и получава бакалавърска степен по химия.

През 1965 г. започва изследвания върху пептидните антибиотици с Е. П. Абрахам в Оксфордския факултет по патология и през 1969 г. защитава докторска степен. През този период се засилва интереса му към  молекуларната биология  и генетиката.

През следващия период от живота си, от 1969 г. до 1971 г., Уолкър работи в чужбина, първоначално във факултета по фармация в Университета на Уисконсин, по-късно, от 1971 г. до 1974 г. - във Франция, като стипендиант на НАТО и ЕМВО (Европейска организация по молекулярна биология).

През 1974 г. той е одобрен за научен проект в Университета в Кеймбридж, озаглавен “Секвестиционен анализ на протеини”. Работата му е спонсорирана от ЕМВО.

През 1978 г. Уолкър решава да приложи химическите методи за протеините върху мембранните протеини. Известно е, че ензимите от вътрешните мембрани на митохондриите са от важно значение, но тяхната структура почти не е проучена. Той започва изучаване на структурата на АТФ (аденозин трифосфат), получен от митохондрии от говежди сърца и еубактерии. Тези изследвания в крайна сметка довеждат до пълен анализ на секвенцията на комплекса от няколко вида и установяване на елементния състав на F-каталитичната част на ензима от говежди митохондрии, давайки нов поглед за това как АТФ се синтезира в живия организъм.

Джон Уолкър получава Нобелова награда за химия през 1997 г. съвместно с Пол Боайер за изясняване на ензимния механизъм на синтеза на аденозин трифосфат (АТФ) и Дженс К. Скоу за откриването на йон-пренасящия ензим Na+, K+ -АТФ-аза.

През 1999 г. за приноса си в областта на молекулната биология, той получава титлата сър.
Автор: Тони