Отпадъчните води, макар и преминали през механично и биологично очистване не са очистени от съдържащите се в тях патогенни микроорганизми. Дори при пълно биологично очистване степента на очистване на микроорганизмите достига до 91-98 %, което не е достатъчно и такива води магат да бъдат източници на заразяване. Обеззаразяването се осъществява с течен хлор или хлорна вар и се дължи на големия афинитет на хлора към водорода, което води до разграждането на органичната материя. От друга страна хлорът реагира и с кислорода, което води до окисляване на ензимите, играещи важна роля в клетката. Взаимодействието на хлора с водата протича при последното уравнение или реакция :
Cl2 + H2O -> HCl + HOCl
2HOCl -> 2HCl + O2
Ca2OCl2 + H2O -> Ca(OH)2 + CaCl2
 
Хлорирането се осъществява в специални съоръжения – хлоратори, като количеството на хлориращото вещество се изчислява така, че да има остатъчен хлор от порядъка на 0,5 – 1,5 мг/л.  Хлорирането трябва да продължава в рамките на 30 минути. Количеството на хлорната вар (хлорната вода) се изчислява според степента на замърсяване, вида на замърсителя и необходимата степен на очистване. За малки количества вода обикновено се използва хлор, а за големи се използва хлорна вар.
За води, които са минали през пълно биологично очистване хлора се изчислява приблизително в количество 10 – 15 мг/л, а за води, които са минали през непълно очистване, в малко по – големи количества 15 – 20 мг/л.
 
Съоръженията за обеззаразяване на отпадъчни води включват хлораторна станция, смесител и контактен резервоар, където в резервоара сместа от отпадъчна вода и обеззаразяващ разтвор остават в продължение на 30 минути при температура 18 – 20 градуса, за да протече процеса на обеззаразяване. В резервоарите се отделят известни количества утайки по – големи, когато обеззаразяването е с разтвор на хлорна вар. Утайките съдържат органични и неорганични вещества.
Автор: Александър Ненов