Кратък терминологичен речник по биоинформатика

Аминокиселини - основни градивни елементи на протеините.Базова двойка (base pair = b.p.) – дублиране на базите във веригите на ДНК и РНК.Белтъци (протеини) – хетерополимери със специфична пространствена структура и функция, изградени от аминокиселини

Аминокиселини - основни градивни елементи на протеините.
Базова двойка (base pair = b.p.) – дублиране на базите във веригите на ДНК и РНК.
Белтъци (протеини) – хетерополимери със специфична пространствена структура и функция, изградени от аминокиселини
Биоинформатика – приложение на компютърната техника за менажмент и анализ на биоинформация.
Браузер (browser) – компютърна програма (Web-клиент), която позволява възстановяване на информацията в Интернет и WWW.
Ген – фундаментална физична и функционална единица на наследствеността, участък от полинуклеотидна верига на ДНК, съдържащ информация за синтеза на молекулата на РНК и кодиращ синтеза на даден белтък.
Генетичен код – начин на подреждане на нуклеотидите  във веригата на информационната РНК.
Геном – пълен генетичен набор от хромозоми за даден организъм с  размерност в базови двойки (b.p.).
Диплоидна клетка – клетка с набор от две копия на всяка хромозома.
ДНК – дезоксирибонуклеинова киселина, молекула с кодирана генетична информация.
Домейн (domain) – компактна локална градивна единица при огъването. Комбинцията от домейни определя структурата и функциите на протеина.
Ензим – белтък, който действува като катализатор на биохимична реакция.
Еукариотна клетка – клетка с ядро, характеризираща всички живи същества, освен вируси, бактерии и синьо-зелено водорасло.
Ексони – протеин-кодирани секвенции в гена.
EST (Expressed Sequence Tag) – частична секвенция  на клонинг, случайно избрана от комплементарна ДНК-библиотека с цел идентификация на гени. Използува се за съставяне на геномни карти.
INDEL (INsertion/DELition)- операция на добавяне или отнемане на елементи (букви) в ДНК- или протеинови секвенции.
Интрони (introns) – секвенции в ДНК, основани на прекъсването на протеин-кодирани секвенции на гена (записват се  в РНК).
Java – обективно-ориентиран език за програмиране в мрежа.
Кариотип – броят и формата на хромозомите, отличителна особеност на всеки вид.
Клониране – процес на генериране на копия от ДНК-фрагменти.
Кодираща секвенция (CDS) – област от ДНК/РНК, определяща секвенциите на аминокиселините в протеина.
Кодон - точно определена последователност от три нуклеотида във веригата на ДНК
Консенсус-секвенция – псевдо-секвенция, която обобщава информацията, съдържаща се в един мултиалигнмент.
Консервативна секвенция – секвенция от бази в ДНК-молекулата (или от аминокиселини в протеина), която остава непроменена в хода на еволюцията.
Контиг (contig) – секвенции от клонинги, отразяващи взаимосвързани области от гени, представени като ансамбъл от мултиалигнмент.
Липиди – разнородна група съединения, които не се разтварят във вода, а в органични разтворители (мазнини, стероиди, восъци и други).
Локус – позиция, място на хромозома в гена или ДНК.
Мотив – последователност от аминокиселини в протеинова секвенция, която се повтаря в даден мултиалгнмент.
Мултиалигнмент – многократно сравняване на секвенции от аминокиселини чрез добавки (insertions) за изравняването им.
Мутация – изменение в ДНК-секвенция.
Нуклеотиди – молекули, съдържащи азотни бази, фосфатни групи и захари, които изграждат ДНК и РНК.
ORF (open reading frame) – серия от ДНК-кодони.
Ортолози – хомоложни протеини с еднакви функции в различните видове.
Паратолози - хомоложни протеини с различни функции в различните видове.
PCR (Polymerase Chain Reaction) – метод за подобряване  на ДНК-базови секвенции със термостабилна полимераза и два първични източника (primers).
Пеналти (penatalties) – резултати, използувани при пресмятането на  алигнменти от секвенции.
Праймер (primer) – къса първична полинуклеотидна верига.
Прокариотна клетка – клетка без ядро.
Промотeр (promoter)– място в ДНК, в което РНК-полимеразата се свързва и записва първоначално
Профил – позиционно-специфична резултативна таблица за секвенсна информация с пълни алигнменти.
Протеин – белтък съставен от една или повече аминокиселини.
Репликация – удвояване на ДНК на базата на матричния принцип.
РНК – рибонуклеинова киселина с подобна на ДНК молекула, която се проявява като рибозомна (рРНК), транспортна (тРНК) и информационна (иРНК).
Секвенция – последователност от аминокиселини/нуклеотиди записана с единични съкращения от букви.
Секвенсен алигнмент – резултат от линейно сравнение на секвенции от аминокиселини/нуклеотиди, получен с добавяне на липсващи букви.
Секвенсен процес – определяне на реда от нуклеотиди в ДНК/РНК-молекулата или на аминокиселините в протеините.
Shotgun method – метод за клониране на ДНК-фрагменти случайно генерирани от генома.
Спиралeн кръг (helical wheel) – граф от 5 спирали, около който се нанасят остатъците на  на протеиновите секвенции.
Супер-вторична структура – резултат от подреждането на a-спирали и b-плоскости в секвенцията на протеина при дискретно-огънати структури.
Таксономия – наука за систематизацията на видовете.
Транскрипция – процес, при който заложената в ДНК информация се презаписва от иРНК.
Транслация – процес, при който информацията записана под формата на кодони в иРНК се превръща в аминнокиселинна последователност на полипептидните вериги.
Третична структура – резултат от външно огъване на секвенция от протеин с използуване на вторични и супер-вторични структурни елементи.
Twilight zone (зона на мрака) – зона на подобие на секвенции (20%).
Филогенетичен анализ - анализ за еволюцията между видовете.
Фингерпринт (fingerprint) – група от мотиви без празни места в алигнмент от секвенции, използувана за определяне на фамилното съседство при търсене  в първични бази данни.
FTP (File Transport Protocol) – протокол за комуникация с файлове при работа с компютри.
Хромозоми – чифтни самопроизвеждащи се чрез репликация генетични структури от клетки, съдържащи молекулна ДНК.
Хибридизация – процес на съединяване на две комплементарни вериги от ДНК или ДНК/РНК при формиране на чифтно-верижни молекули.
HMM (Hidden Markov Model) – вероятностен марковски модел, с който се кодират всички домейн-алгнменти.
URL (Uniform Resourse Locator) – източник на информация в Интернет. Автор: Александър Ненов